En Europa, el Bayern no podría pasar de los cuartos de final de la Liga de Campeones de la UEFA 2016-17 al ser eliminado nuevamente por el Real Madrid en otra edición de «el clásico europeo», cortando así el hito de haber estado en cinco semifinales consecutivas de dicho torneo. El excentrocampista -que jugó para el club desde 1998 a 2007- asumió el puesto que había estado vacante durante más de un año desde la dimisión de Matthias Sammer. El «veterano» entrenador Jupp Heynckes -que llevó al Bayer Leverkusen al subcampeonato en la 1. Bundesliga 2010-11- sería otra vez el nuevo entrenador del Bayern para la temporada 2011-12, la cual sería su tercera etapa al frente del club. Con Heynckes nuevamente al mando, el club logró reponerse y rápidamente escaló hasta la cima de la liga, en la cual se proclamaron campeones por sexta vez consecutiva. El 5 de agosto, el Bayern ganaría la Supercopa de Alemania 2017 por sexta vez, en una tanda de penaltis contra el Borussia Dortmund. En su primer partido de liga, derrotaron al Hamburgo con marcador de 5:0, y posteriormente en la segunda jornada, el 22 de agosto, el club otorgó el gol más rápido en la historia de la liga, camisetas baloncesto al encajar un gol a los nueve segundos ante el Hoffenheim.
No obstante cerca de finalizar el partido lograron vencerlos con marcador de 2:1. El 22 de septiembre, Robert Lewandowski fue autor de los cinco goles con los que el Bayern derrotó al Wolfsburgo en un partido válido por la liga. Antes de comenzar la temporada 2005-06, el Bayern se mudó del estadio Olímpico de Múnich al nuevo Allianz Arena de su propiedad, el cual para entonces compartió con el club 1860 Múnich. En la primera temporada de Hitzfeld, el Bayern conquistó la Bundesliga y estuvo cerca de conquistar la Liga de Campeones, pero perdieron 1:2 contra el Manchester United en el tiempo extra después de estar ganando en la mayor parte del partido. Esta zona concentra la mayor parte del ocio de la ciudad y tiene una gran oferta de restauración y una gran animación por el día. Las Sage Low son una versión más femenina de las Nike Air Force 1. Es un rediseño que opta por un aspecto mucho más redondeado en sus pliegues, un mayor minimalismo y una entresuela que incrementa su tamaño.
En las semifinales Liga de Campeones de la UEFA 2015-16, el club cayó derrotado -por tercera vez consecutiva en esa instancia y nuevamente ante un equipo español- al saldar una derrota 0:1 y una victoria 2:1 ante el Atlético de Madrid -logrando estos últimos el pase a la final por el gol de visitante-. Poco más tarde, el Bayern conquistó la Liga de Campeones de la UEFA por cuarta vez después de una brecha de 25 años, derrotando al Valencia en la final en la tanda de penaltis. Sin embargo, pocos días después elimina al Real Madrid en una «agónica» tanda de penaltis -el resultado tras ambos encuentros fue de 2:1 favorable al conjunto que actuaba como local- en la que Philipp Lahm y Toni Kroos fallaron, mientras que Cristiano Ronaldo, camiseta chicago bulls Kaká y Sergio Ramos erraron por parte del club español. Guardiola culmina con la conquista de la Copa de Alemania 2015-16, venciendo en la tanda de penaltis al Borussia Dortmund, logrando así otro doblete. A finales de año el club anuncia que Pep Guardiola no renovaría su contrato el cual expiraba al final de temporada, por lo que el club se hizo de los servicios del entrenador italiano Carlo Ancelotti.
La temporada 2013-14 comienza con un relevo en el banquillo: Pep Guardiola sucede a Jupp Heynckes con el reto de mantener el elevado listón que le dejó este. La temporada de 2001-02 comenzó con una victoria en la Copa Intercontinental ante Boca Juniors de Argentina, pero acabó sin otro trofeo. Ese resultado envió al equipo de Múnich a la final de la Liga de Campeones una década después. Durante este tiempo los jugadores del Bayern aparecían a menudo en las páginas de la prensa rosa en vez de las páginas deportivas, dando por resultado que lo apodaran el «FC Hollywood». En la Liga de Campeones, el Bayern alcanzaría la semifinal tras derrotar 8:2 al Barcelona, siendo este el peor resultado continental para el club español. Con la victoria, el Bayern ganó su decimonoveno título en este torneo y su duodécimo doblete doméstico. El 18 de mayo el Bayern ganó su séptimo título consecutivo en la 1. Bundesliga al terminar dos puntos por encima del Borussia Dortmund.